Danmarks Flymuseum har kontinuerligt gang i mange forskelligartede aktiviteter. Museet er et levende museum med en flåde af flyvedygtige fly, som skal opereres og vedligeholdes. Udstillingen skal konstant fornyes, og der skal løbende ske en udvikling for museet.
Den primære aktivitet er museumsdriften. At håndtere den daglige museumsdrift med åbningstid, administration og vedligeholdelse kræver en stor arbejdsindsats af de frivillige, ikke mindst fordi bestyrelsen prioriterer højt at bygninger og udstilling til enhver tid fremtræder velholdt og præsentabelt.
Institutionens fornemste opgaver er at medvirke til at bevare de historiske fly og effekter. Der er hvert eneste år gennem hele museets levetid afsat ressourcer til et skiftende antal restaureringsprojekter. Gennem årene er det efterhånden blevet til en del luftfartøjer, Danmarks Flymuseum på den måde har medvirket til at bevare for eftertiden.
Museet drives for små midler uden offentlig støtte. Det løber rundt, dog giver entréindtægten ikke et tilstrækkeligt afkast til at dække udgifterne til restaurering af de fly, bestyrelsen finder behov for at bevare. For at tilvejebringe nogle ekstra økonomiske midler til dette formål, engagerer Danmarks Flymuseum sig ofte i nogle større arrangementer, som ikke har noget med museumsdriften at gøre. Her kan nævnes Flyvningens Dage Roskilde, KZ-Rally Stauning og Ringkøbing Løbet. Denne form for aktiviteter er nødvendige for at skaffe økonomiske midler til at videreføre restaurerings- og bevaringsarbejdet.